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年份 榮獲之主要獎項榮譽
2017 第十九屆中華民國科技管理學會「科技管理獎」學研團隊類
2016 行政院「傑出科技貢獻獎」
2016 行政院「傑出研究獎」
備註:第三度獲獎
2016 中國工業工程學會「工業工程獎章 - 學術研究類」
2016 國立清華大學第三屆「傑出產學研究獎」
2015 The IEEE Transactios on Semiconductor Manufacturing Best Paper Award 2015 年最佳論文獎
2014 東森盃「大數據分析競賽」全國第一名 
2013 國立清華大學「清華講座教授」
備註:終身榮譽
2013 國立清華大學101年度「產學績優教師」
2012 國立清華大學「績優技轉教師獎」
2012 第二十二屆行政院「國家品質獎 - 研究類個人獎」
備註:每年至多一名個人獎,由於對決策品質提升的研究貢獻,成為國家品質獎設立22年以來第三位榮獲研究類個人獎的教授
2012 中華民國科技管理學會院士
備註:Fellow
2011 The IEEE Transactions on Automation Sciences and Engineering Best Paper Award 2011年最佳論文獎
2011 科技部100學年度傑出研究獎
備註:該年全會獲獎名額較恢復後的數目再減少為每年74名
2010 中國工業工程學會「工業工程獎章 - 產業實踐類」
備註:第一位榮獲此類獎章的教授
2010 國立清華大學「清華特聘教授」
備註:終身榮譽
2010 經濟部「大學產業經濟貢獻獎 - 產業貢獻團隊獎」 
備註:全國僅一隊
2010 中國工程師學會「傑出工程教授」
2009 經濟部「大學產業經濟貢獻獎 - 產業貢獻個人獎」
備註:全國僅四位
2009 擔任國立清華大學首任產學合作執行長,整合產學合作、智財技轉及創新育成中心等,建立專業管理團隊,成功執行教育部主導之跨部會產學合作激勵方案,榮獲「產學合作績優單位獎」
2007 國立清華大學第一屆「傑出產學合作獎」 
2007 科技部傑出研究獎
備註:該年全會獲獎名額減少為每年35名,獲獎人並以獲頒一次傑出研究獎為限
2007 呂鳳章先生紀念獎章 
2007 國科會「學以致用」專書介紹產學合作典範 
包括王春山、吳重雨、陳良基、翁金輅、顏鴻森、馮展華、蔡明祺、蔣本基
2005 科技部專題研究計畫第一級主持人獎
備註:
2005 - 2008、學門Top 3%、科技部該年停辦傑出研究獎,改推主持人分級制,第一級主持人獎等同於傑出研究獎的精神及獎勵金
2005 經濟部「標竿學習計畫」選為「產學合作最佳標竿」,並作為能力雜誌封面故事報導 
2004 台積電TSMC Semiconductor Faculty Research Grant
2002 中國工程師學會「工程論文獎」
2001 教育部「產學合作研究獎」
2001 國立清華大學「新進人員研究獎」
2001 中國工業工程學會「工業工程論文獎」
2001 中國工業工程學會「優秀青年工業工程師獎」