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榮獲之主要獎項榮譽包括:

2017 第十九屆中華民國科技管理學會「科技管理獎」學研團隊類

2016 行政院「傑出科技貢獻獎」

2016 科技部「傑出研究獎」(第三度獲獎)

2016 中國工業工程學會「工業工程獎章-學術研究類」

2016 國立清華大學第三屆「傑出產學研究獎」

2015  The IEEE Transactions on Semiconductor Manufacturing Best Paper Award 2015年最佳論文獎

2014 東森盃「大數據分析競賽」全國第一名

2013 國立清華大學「清華講座教授」(終身榮譽)

2013國立清華大學101年度「產學績優教師」

2012 國立清華大學「績優技轉教師獎」

201222屆行政院「國家品質獎-研究類個人獎」(每年至多一名個人獎,由於對決策品質提升的研究貢獻,成為國家品質獎設立22年以來第三位榮獲研究類個人獎的教授)

2012中華民國科技管理學會院士(Fellow)

2011 The IEEE Transactions on Automation Sciences and Engineering Best Paper Award 2011年最佳論文獎

2011科技部100學年度傑出研究獎(該年全會獲獎名額較恢復後的數目再減少為每年74)

2010中國工業工程學會「工業工程獎章-產業實踐類」(第一位榮獲此類獎章的教授)

2010國立清華大學「清華特聘教授」(終身榮譽)

2010經濟部「大學產業經濟貢獻獎-產業貢獻團隊獎」(全國僅一隊)

2010中國工程師學會「傑出工程教授」

2009經濟部「大學產業經濟貢獻獎-產業貢獻個人獎」(全國僅四位)

2009擔任國立清華大學首任產學合作執行長,整合產學合作、智財技轉及創新育成中心等,建立專業管理團隊,成功執行教育部主導之跨部會產學合作激勵方案,榮獲「產學合作績優單位獎」。

2007國立清華大學第一屆「傑出産學合作獎」

2007科技部傑出研究獎(該年全會獲獎名額減少為每年35名,獲獎人並以獲頒一次傑出研究獎為限)

2007「呂鳳章先生紀念獎章」

2007國科會「學與致用」專書介紹産學合作典範(包括王春山、吳重雨、陳良基、翁金輅、顏鴻森、馮展華、蔡明祺、蔣本基)

2005 科技部專題研究計畫第一級主持人獎(2005-2008)(學門Top 3%)(科技部該年停辦傑出研究獎,改推主持人分級制,第一級主持人獎等同於傑出研究獎的精神及獎勵金)

2005經濟部「標竿學習計畫」選為「產學合作最佳標竿」,並作為能力雜誌封面故事報導。

2004 台積電TSMC Semiconductor Faculty Research Grant

2002中國工程師學會「工程論文獎」

2001教育部「産學合作研究獎」

2001國立清華大學「新進人員研究獎」

2001中國工業工程學會「工業工程論文獎」

2001中國工業工程學會「優秀青年工業工程師獎」